Peptidovú zdravú výživu stačí umiestniť na chladné a suché miesto.

V prípade peptidových činidiel a peptidových liečiv je potrebné ich uchovávať v sušičke. Lyofilizované peptidy môžu byť umiestnené pri izbovej teplote pred ich vystavením vzduchu. Tým sa zníži vplyv vlhkosti, a keď nie je možné sušenie vymrazovaním, najlepším spôsobom je skladovanie v malých pracovných objemoch vzoriek. Pre peptidové reagencie obsahujúce Cys, Met alebo TrP je deoxidačný pufor nevyhnutný na ich rozpustenie, pretože peptidové činidlo sa ľahko oxiduje vzduchom a pomaly vytekajúci dusík alebo argón z polypeptidového činidla pred uzavretím fľaše tiež zníži oxidáciu. Peptidové reagencie obsahujúce Gln alebo Asn sa tiež ľahko degradujú a všetky peptidy majú obmedzenú životnosť v porovnaní s tými, ktoré tieto problematické lyozidy neobsahujú.
Peptidy majú široký rozsah rozpustnosti. Hlavným problémom s nerozpustnosťou peptidov je tvorba sekundárnych štruktúr. K tomu dochádza vo všetkých okrem najdôležitejších peptidov, najmä v peptidoch s viacerými hydrofóbnymi zvyškami. Soľ podporuje tvorbu sekundárnej štruktúry. Odporúčame najskôr rozpustiť peptid v sterilnej destilovanej vode alebo deionizovať. Ak je potrebné zvýšiť rozpustnosť, možno použiť sonikáciu. Rozpúšťanie je stále problém, pridanie malého množstva zriedenej kyseliny octovej (10 percent) alebo amoniaku rozpúšťanie uľahčí.
Na dlhodobú konzerváciu peptidových činidiel je najlepšie lyofilizovať a za studena sušený prášok možno skladovať pri teplote -20 alebo nižšej niekoľko rokov s malou alebo žiadnou degradáciou. Peptidy v roztoku nie sú ani zďaleka stabilné. Peptidy sú náchylné na bakteriálnu degradáciu a mali by byť rozpustené v sterilnej čistenej vode.
Roztoky peptidov obsahujúce zvyšky Met, Cys alebo Tyr majú obmedzenú životnosť v dôsledku oxidácie. Mal by sa rozpustiť v anaeróbnom rozpúšťadle, aby sa predišlo opakovanému zničeniu zmrazovaním a rozmrazovaním, odporúča sa rozpustiť prebytočný peptid v experimente s výkalmi a zvyšok polypeptidu sa zachová ako pevná látka.